局机关机构设置如下:
办公室、计划财务科、资源环境保护与海域管理科、渔业管理科、审核审批科、机关党委会、纪检组监察室
办公室工作职责
协助局领导处理日常工作，协调机关政务工作；负责局机关的秘书、外事、督办、资料、信息、接待、文电、会务、保密、安全保卫、机关后勤等工作；承办局机关和直属事业单位的人事、机构、编制、劳动工资、奖惩、计生、老干部服务等业务工作；管理直属事业单位专业技术人员和技工的技术职务评聘，组织指导本系统干部职工的教育培训和行业特有工种职业技能鉴定工作；负责拟定海洋与渔业相关政策和法制建设规划，监督指导海洋与渔业法律制度的实施，督促检查海洋与渔业执法，承办相关的听证、行政复议与应诉工作；负责海洋与渔业社团的行业管理工作。
计划财务科工作职责
组织海洋与渔业基础性、综合性调查研究，组织研究拟定海洋管理与渔业经济发展战略和中长期规划；负责行业的统计和产业信息工作；承办海洋与渔业建设项目及专项资金项目的审核、申报和管理工作，负责渔港建设规划和管理；负责局机关和直属事业单位的财务管理，管理局机关固定资产，指导监督直属单位国有资产管理。
资源环境保护与海域管理科工作职责
负责海洋环境的监督管理和渔业水域生态环境的保护工作，组织辖区内海洋与渔业水域资源环境的调查、监测、监视和评价；组织和监督海洋工程建设、海洋倾废环境保护制度的实施；组织和监督渔业船舶和渔港水域内非军事船舶对海洋环境污染损害的防治工作。组织协调全市渔业污染事故的调查处理；负责对辖区内的海洋与渔业自然保护区和海洋特别保护区进行规划，并组织和监督实施；监督管理国家授权的海域使用，组织和监督海域使用证、海域有偿使用等制度的实施，组织海洋功能区划和海域使用规划的编修，并监督实施；组织实施“科技兴海”战略，指导并管理海洋科技工作；承办海洋开发的综合管理、海洋对外交流合作、海域勘界和无居民岛开发管理工作，协调各涉海部门、行业的海洋开发活动；组织海洋基础调查，管理海域使用管理信息系统和海洋公益服务系统。
渔业管理科工作职责
负责渔业产业开发管理工作。组织和指导水域滩涂养殖规划的编修，组织和监督水域滩涂养殖证制度的实施。负责水产苗种管理工作，组织和监督经营性水产苗种生产许可、水产苗种质量检测和产地检疫制度的实施。组织和监督渔业捕捞许可证制度的实施，负责渔业资源增殖放流工作。负责水产品质量与安全的监督管理工作，组织和指导渔业产业结构调整、渔业标准化生产、无公害水产品产地谁和产品认证及水产品品牌创建工作。监督检查渔业减灾防灾工作，参与渔业安全生产的监督检查和渔业污染事故调查。组织实施“科技兴渔”战略，指导并管理渔业科技工作。指导水产品加工、市场流通和国际贸易工作。
审核审批科工作职责
按照本局管理权限开展审核审批工作，并承担所属单位的审核审批事项的工作。
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